I got this running and creating the database + schema

Dockerfile

@@ -2,7 +2,7 @@ FROM bigfleet/grouper
 
 ARG maintainer=my
 ARG imagename=grouper
-ARG version=2.3.0
+ARG version=$version
 
 LABEL Version=$version
 ENV VERSION=$version
@@ -15,14 +15,12 @@ ENV MYSQL_PASSWORD=3cf0ccc7d6b240390188367933c9cd90
 ENV GROUPER_SYSTEM_PASSWORD=3cf0ccc7d6b240390188367933c9cd90
 ENV MYSQL_HOST=mariadb
 
-ADD ./container_files /opt
-COPY conf/grouper.hibernate.properties /opt/grouper/$version
+ADD container_files /opt
+RUN rm /opt/grouper/$version/grouper.apiBinary-$version/conf/grouper.hibernate.properties && \
+    ln -s /opt/etc/grouper.hibernate.properties /opt/grouper/$version/grouper.apiBinary-$version/conf/grouper.hibernate.properties && \
+    rm /opt/grouper/$version/grouper.ws-$version/grouper-ws/build/dist/grouper-ws/WEB-INF/classes/grouper.hibernate.properties && \
+    ln -s /opt/etc/grouper.hibernate.properties /opt/grouper/$version/grouper.ws-$version/grouper-ws/build/dist/grouper-ws/WEB-INF/classes/grouper.hibernate.properties && \
+    rm /opt/grouper/$version/grouper.ui-$version/dist/grouper/WEB-INF/classes/grouper.hibernate.properties && \
+    ln -s /opt/etc/grouper.hibernate.properties /opt/grouper/$version/grouper.ui-$version/dist/grouper/WEB-INF/classes/grouper.hibernate.properties
 
-RUN rm /opt/grouper/2.3.0/grouper.apiBinary-2.3.0/conf/grouper.hibernate.properties && \
-    ln -s /opt/grouper/$version/grouper.hibernate.properties /opt/grouper/2.3.0/grouper.apiBinary-2.3.0/conf/grouper.hibernate.properties && \
-    rm /opt/grouper/2.3.0/grouper.ws-2.3.0/grouper-ws/build/dist/grouper-ws/WEB-INF/classes/grouper.hibernate.properties && \
-    ln -s /opt/grouper/$version/grouper.hibernate.properties /opt/grouper/2.3.0/grouper.ws-2.3.0/grouper-ws/build/dist/grouper-ws/WEB-INF/classes/grouper.hibernate.properties && \
-    rm /opt/grouper/2.3.0/grouper.ui-2.3.0/dist/grouper/WEB-INF/classes/grouper.hibernate.properties && \
-    ln -s /opt/grouper/$version/grouper.hibernate.properties /opt/grouper/2.3.0/grouper.ui-2.3.0/dist/grouper/WEB-INF/classes/grouper.hibernate.properties
-
-#VOLUME /opt/grouper/2.3.0/apache-tomcat-$TOMCAT_VERSION/logs
+#VOLUME /opt/grouper/$version/apache-tomcat-$TOMCAT_VERSION/logs

docker-compose.yml

@@ -14,7 +14,7 @@ services:
      - NET_ADMIN
      - SYS_ADMIN
     volumes:
-     - mysql:/var/lib/mysqlmounted
+     - grouper_mysql:/var/lib/mysqlmounted
     env_file:
       - conf/common.env
       - conf/db.env
@@ -45,5 +45,5 @@ networks:
     driver: bridge
 
 volumes:
-  mysql:
+  grouper_mysql:
     driver: local